排污后端處理能力不足。無論是三格化糞池，還是沼氣池，其污水或沉渣都需要在后端定期處理，通常有4種處理方式：一是由農(nóng)戶根據(jù)容納程度及時抽取污水、清理沉渣，就地對園田或農(nóng)田進行還田施肥；二是以村為單位建設(shè)分散式集中污水凈化池，凈化后的水自然排放；三是靠近城鎮(zhèn)的鄉(xiāng)村，可以延伸敷設(shè)污水管，將污水引入城鎮(zhèn)污水處理廠集中處理；四是通過管連接化糞池，集中引流污水至濕地凈化后自然排放。我省由于市縣財力有限、農(nóng)民收入不高，絕大多數(shù)鄉(xiāng)村沒有建設(shè)污水管、污水凈化池或者濕地的能力，采取后3種方式處理污水的地區(qū)寥寥可數(shù)，農(nóng)村污水后端處理主要還是依賴農(nóng)民自己定期抽取污水、清理沉渣進行還田施肥。在缺乏系統(tǒng)高效的污水后端處理設(shè)施及農(nóng)戶自家農(nóng)田對污水、堆肥消化不了的現(xiàn)實情況下，農(nóng)民自己動手清理的主動性不強、積極性不高，便會放任污水下滲土壤，或者從三池出口接排污管引入湖泊河流。

　　思想重視程度不夠。思想的高度決定行為的力度。具體到農(nóng)村廁所來說，一方面是部門對現(xiàn)實中的問題沒有引起足夠重視，引發(fā)工作的缺位，如上層設(shè)計不足、宣傳發(fā)動不夠、政策執(zhí)行不到位、監(jiān)督管理不嚴(yán)等；另一方面是農(nóng)民自身重視不夠，對改廁的意義和不改的危害性認(rèn)識不足，不能形成自發(fā)推動改廁的內(nèi)生動力。

　　基層底管理作用發(fā)揮不充分。上面千條線，下面一根針。任何一項工作，都要靠鎮(zhèn)村級基層組織去推動落地生根；任何部門的管理，也需要依靠基層組織去補充、補位。在建設(shè)改造農(nóng)村廁所工作上，基層組織工作人員不能僅限于上傳下達、邯鄲學(xué)步，甚或睜一只眼閉一只眼，要善于思考，多提出適合農(nóng)村實際和農(nóng)民需求的好思路、好點子，指導(dǎo)、規(guī)范各項行為，及時反饋信息，充分發(fā)揮好基層橋梁堡壘作用。

　　工作缺乏合力。農(nóng)村污水處理的職能涉及、水務(wù)、衛(wèi)生多部門，銜接得好，會合理規(guī)劃、科學(xué)建設(shè)；處理不好，部門之間的工作各行其道。缺乏溝通、統(tǒng)籌，就會致使一件事沒有人管，或者大家都來管，下面不知聽誰的，要么混亂建設(shè)，要么重復(fù)建設(shè)。如，鄉(xiāng)村改造規(guī)劃建設(shè)房屋、道路時，沒有考慮周全廁所污水處理涉及的化糞池、管、集中處理設(shè)施的建設(shè)，導(dǎo)致建設(shè)化糞池、管、集中處理設(shè)施時需要二次、三次開挖，甚至無地可建；建設(shè)廁所污水處理設(shè)施時，缺乏考慮選址合適與否，對將來房屋村舍改造的妨礙程度，導(dǎo)致化糞池可能建在房屋通道中間，開口接管處影響通行；化糞池建成后，部門聯(lián)合驗收的配合程度不高，化糞池的質(zhì)量、功能能否達到標(biāo)準(zhǔn)不能確定，影響日后使用效果。